Sión, el último bastión de la humanidad fuera del Matrix, está asediada por las máquinas y preparándose para un último envite que puede suponer su aniquilación. Incluso Morfeo (Laurence Fishburne) comienza a tener dudas sobre las palabras del Oráculo y la profecía. En medio de este caos los poderes del agente Smith (Hugo Weaving), el programa mercenario dispuesto a imponerse sobre máquinas y humanos, están en aumento al igual que su capacidad de replicarse. Este será el punto de arranque de Matrix Revolutions en un viaje que llevará a Neo, acompañado y apoyado por el amor de Trinity, a donde ningún humano ha llegado antes, frente a frente con el poder supremo en el mundo de las máquinas, el Deus Ex Machina, en busca de la paz que parece imposible para una Sión al borde de la derrota. Una solución que, como le sugiere el Oráculo (Mary Alice), estará conectada con su opuesto, el agente Smith: El futuro del mundo, de una forma o de otra, se decide hoy. Esta noche el porvenir de los dos mundos estará en tus manos, o en las suyas, afirma esta vidente que desde la última película ha cambiado de forma humana por obligaciones de guión y, también, por la muerte de la actriz que le daba vida, Gloria Foster.
